El sargento "Soap" McTavish es un reciente soldado del ejército británico seleccionado a los SAS —específicamente al regimiento vigésimosegundo—, el cual necesita de un entrenamiento. Al pasar los entrenamientos con las armas que supervisa Gaz, un SAS que lleva más tiempo en la unidad, y las pruebas (ambientadas como el ensayo al asalto de un barco) será seleccionado y elegirá (con sugerencias por parte del juego y del Capitán Price) el nivel de dificultad . Al terminar el entrenamiento se llevara la misión del Prólogo.
Prólogo (primera misión)
La misión de "Soap MacTavish" consiste en localizar un dispositivo nuclear en un buque carguero en el estrecho de Bering, después de neutralizar a la tripulación. MacTavish y el resto del pelotón, al mando de Price, consigue encontrar la bomba, pero fallan al intentar sacarla de la embarcación debido a que dos aviones rusos MiG disparan un misil a éste. El pelotón sale ileso del barco, aunque éste se hunde. Después se transporta a Medio Oriente donde el jugador toma el rol de los últimos momentos de Yasir Al-Fulani, el presidente de una Nación en conflicto, en la última escena se ve que Imran Zakhaev le entrega a Khaled Al-Asad una pistola Desert Eagle y con esta es asesinado Yasir Al-Fulani.
Acto I
Un ultranacionalista ruso llamado Imran Zakhaev que quiere regresar a su país a los tiempos de la Unión Soviética derrocando al gobierno de su país con una guerra civil y usando su armamento nuclear. Este a la vez tiene el apoyo de divisiones del ejército ruso leales al comunismo. Ellos sabían que Estados Unidos no podía dejar pasar que financiaran el golpe de estado en Medio Oriente organizado por su aliado Khaled Al-Asad, este transmitió por televisión nacional el asesinato del Presidente de aquella nación Yaser Al-Fulani, pero centraron su atención en Rusia ya que debían rescatar a Nikolai —un informante al servicio del SAS que tenía información sobre las acciones de Zakhaev—. Por otro lado, la 1° División de Reconocimiento de Marines organizó una invasión en búsqueda de Al-Asad y un arma nuclear rusa, la cual inexplicablemente se detona en la ciudad capital aniquilando a las tropas. El Sgto. Paul Jackson después de buscar a Al-Asad por la capital y rescatar a una piloto caída resiste la explosión nuclear pero muere junto con todo su peloton a causa de la radiación desprendida de ésta, y las heridas graves causadas por la caída del helicóptero donde se encontraba en el momento de la detonación.
Acto II
Khaled Al-Asad; el objetivo de la invasión pasada ya había escapado a uno de sus pisos francos en el Medio Oriente. Después de que un escuadrón del SAS en el cual está el Sgto. "Soap" McTavish , lo capturaran, amarrado en una silla y después de saber que Imran Zakhaev le había entregado la bomba, el Cap. Price lo mata de un disparo en la boca (se puede ver que los dientes de Al-Asad salen proyectados al aire producto del disparo). En ese punto en que el Capitán Price habla (respondiendo a la inquietud de Gaz por la razón del disparo a Al-Asad), se hace un salto temporal retrospectivo a la antigua Ucrania después de la accidental explosión de Chernobil. La misión completa se desarrolla en las zonas parcialmente irradiadas de Ucrania, en la ciudad de Pripyat. La retrospectiva se toma en cuenta desde la perspectiva del Capitán Price. Trata de una misión encubierta dentro de la Zona con la orden de asesinar a un ultranaciolista ruso. Price, siendo teniente con el SAS, hace pareja con su superior, el Cap. MacMillan. Sigilosamente, pasando por el enjambre de soldados, un convoy y francotiradores llegan a la posición en el último piso de un hotel. El objetivo es identificado positivamente como Imran Zakhaev, Price dispara al objetivo con un fusil Barrett M82, pero a pesar de perder un brazo, Zakhaev sobrevivió. Las Fuerzas ultranacionalistas los persiguen por toda la zona de exclusión. En el trayecto un helicóptero lo persigue, le disparan y se estrella hiriendo al Cap. MacMillan, forzando a Price a que lo cargue por el resto del camino hasta el punto de extracción. Entre que esperaban el helicóptero de extracción, los ultranacionalistas dieron un contraataque que fue inútil. Al final de esta parte se ve que abordan el helicóptero. De vuelta al presente (ocho horas después de la muerte de Al-Asad), los ultranacionalistas lanzan un contraataque sobre ellos. El Cap. Price y el escuadrón del SAS mantuvieron su ofensiva usando minas anti-personas para frenar su ataque. Después se retiraron a un granero en la cima de la colina. Pronto son informados de que el helicóptero no puede aterrizar porque hay puestos de emplazamiento de misiles tierra-aire y les ordenan bajar al fondo de la colina para la extracción. Después de escapar de las fuerzas ultranacionalistas, los SAS con apoyo de la Fuerza de reconocimiento de Marines liderados por el Sgt.St. Griggs y con un escuadrón de Fuerzas Armadas de la Federación Rusa liderados por el Sgt. Kamarov intentaron capturar al hijo de Zakhaev, ya que este sabía donde se encontraba su padre. Pero la misión falla, ya que se suicida cuando es arrinconado por el SAS y el ejército leal ruso, estando capturado y apunto de ser interrogado.
Acto III
Después de la pérdida de su hijo, Zakhaev, en un ataque de ira, lanza dos Misiles Balísticos Intercontinentales hacia la Costa Este de Estados Unidos. Una fuerza conjunta del SAS y USMC irrumpe en la central de lanzamiento de los misiles y los desactivan sobre el océano Atlántico. Tras cumplir su misión, la fuerza SAS - USMC intenta escapar del contraataque de la fuerzas ultranacionalistas, pero durante el escape, un helicóptero enemigo destruye un puente. Las tropas de Zakhaev llegan poco después y empiezan a atacar a los restantes de la fuerza cooperativa. Un tanque de gas explota e incapacita a todos. Zakhaev llega acompañado de dos hombres, Griggs es asesinado de un tiro en la cabeza al tratar de despertar a Soap MacTavish y llevarlo a un lugar seguro, luego Zakhaev remata a Gaz de un tiro en la cabeza. En camino a matar a Soap MacTavish, es distraído por la llegada de un helicóptero de los lealistas rusos. En ese momento el Cap. Price le pasa una Colt M1911 .45 y con esta mata a Zakhaev y a sus guardias. Los rusos bajan de los helicópteros para comprobar si Zakhaev sigue vivo, al comprobar que ya está muerto van a ver como esta Soap MacTavish y el Cap. Price, este último inmóvil. Los lealistas rusos llevan a Soap hacia el helicóptero, la pantalla del jugador se pone blanca, por lo cual pierde la consciencia. Por otro lado un lealista ruso aplica primeros auxilios a Captain Price, pero parece no responder. Luego, en un número de la revista Game Informer, se revela que ha sobrevivido y se ha retirado honorablemente del Special Air Service.
Epílogo
Tras la secuencia de los créditos, al jugador se le permite participar en una situación de rehenes como un operativo desconocido de la SAS (quizás el mismo Soap), en la cual se ingresa a un avión a rescatar al VIP. Se ve que el equipo realiza un corte en la plancha del casco del avión y se oyen voces, las cuales parecen ser de Price y Gaz, este último presumiblemente muerto. Tras un pequeño combate el jugador rescata al objetivo y salta con paracaídas, justo antes de que el avión explote. Al final sale una fotografía con el Teniente Vásquez, el Capitán Price, Gaz y el Sargento Griggs, y un corto texto: "Quitando vidas y rompiendo corazones, gracias por jugar. Semper Fi" ("Heartbreakers and life takers, thanks for playing. Semper Fi").
